聚类计数值

我有一个表，其中包含每个组内的每个变量的计数。聚类计数值

Age var1 var2 var3 var4 
10 0 200 0 100 
20 180 500 200 300 
30 0 80 0 60 
40 150 10 90 20

我试图创建一个使用R.在热图的结果的热图，列在相同的顺序，因为它们存在于数据。

我需要以这样的方式排列/聚集这些列，使得具有相似值的变量聚集在一起（形成聚集的外观）。

在上面的示例中，查看计数（值），var1更类似于var3，而var2更类似于var4。

这里是产生相同的代码：

tmp = rbind(c(0,200,0,100), 
rbind(c(180, 500, 200, 300), 
rbind(c (0, 80, 0, 60), 
c(150, 10, 90, 20) 
))) 
rownames(tmp) = c('age10', 'age20', 'age30', 'age40') 
colnames(tmp) = c('var1', 'var2', 'var3', 'var4') 
tmp 
heatmap(tmp, Rowv=NA, Colv=NA, 
     col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

来源

2012-08-28 learner

如果你犯了一个[重复的例子， ]（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example），这表明你的问题/问题，我们会发现它更容易回答。 – Andrie

你是对的@joran我的坏会删除我的评论，因为我不知道那是什么。 – Goldentp

添加了可重复的代码。 – learner

只要简单地除去Rowv=NA和Colv=NA参数，热图将通过值集群：

heatmap(tmp, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

来源

2012-08-28 16:16:40

谢谢。为我工作。 – learner

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