biopython

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UnicodeDecodeError与使用Biopython从efetch获取摘要

最近，使用Biopython从Pubmed中提取了一些摘要。我的代码写在下面Python3： from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the total number of abstract availa

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Biopython：不能使用.count（）进行biopython

我的目标是接收DNA序列中出现的时间量'g'。我导入的DNA序列通过使用Biopython列表理解 seq = [record for record in SeqIO.parse('sequences/hiv.gbk.rtf', 'fasta')] 我然后使用新创建的列表排版变量.Count之间（）方法 print(seq.count('g')) 我得到一个错误尝试了读取 NotImpl

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Biopython阵列添加错误（对所有人开放）

好的。让我先解释一下事情。我在这段代码中使用了一个名为Biopython的特定模块。如果您不习惯使用模块，我正在解释解决问题的必要细节。的代码是： #!/usr/bin/python from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser import numpy as np parser=PDBParser(PERMISSIVE=1) structure

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在合并PDB的两条链时从PDB文件中删除'TER'关键字

目标：应该使用Biopython合并来自PDB的两条链。在以下示例中，我要合并两个链A和B成C. ATOM 1133 N VAL A 100 12.484 -30.583 106.831 1.00 30.28 N ATOM 1134 CA VAL A 100 11.430 -31.194 106.033 1.00 34.41 C ATOM 1135 C VAL A 100 11.

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AssertionError：无法使用命令生成曲面文件

我得到msms.exe已停止使用这个简单的脚本，请帮我调试它。我尝试了不同的PDB，结果相同。你可能想看看ResidueDepth.py。 AssertionError：无法使用命令生成曲面文件： msms -probe_radius 1.5 -if C：\ Users \ Ahmad \ AppData \ Local \ Temp \ tmp2pa74le2 -of C：\ Users \ A

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如何使用biopython配对来对齐单词列表

当我运行下面的脚本时，输出被分成单个字符。任何想法为什么？它看起来像第二个参数分成单个字符。我想对齐单词序列。我会有很多单词，因此无法将它们映射到仅字母。 from Bio.Seq import Seq from Bio.pairwise2 import format_alignment fruits = ["orange","pear", "apple","pear","orange

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如何通过BioPython自动将PMC全文保存到磁盘？

有没有办法下载并保存Entrez模块返回到本地磁盘的XML文件？什么我目前做的是： fetch = Entrez.efetch(db='pmc', resetmode='xml', id=ids, rettype='full') article = fetch.read() 然后保存article这是一个str对象通过Python的写入功

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在MacOS塞拉利昂安装Biopython 10.12.5

我使用MacOS的塞拉利昂，我试图在最后关于Python 3.5安装Biopython 1.68我不能安装它在所有我得到了一个失败的结果:( 我跟着步骤，去到该文件夹Biopython然后我把这个在我的终端蟒蛇的setup.py建立或python3 setup.py的建设而且我装苹果的命令行工具，Xcode中我的Mac上，但我不知道如何在我的Mac上安装Biopython 我ha Ana A

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Biopython不会运行

所以我一直在尝试与Biopython合作，而且我相当新。我的代码： fasta_string = open("C:\\Users\\saeed\\Desktop\\dna2.fasta").read() print('1') result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) print('2') blast_rec

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Bioformats-Python错误：'ascii'编解码器无法编码字符u'\ xb5'当使用OMEXML（）

我想在Python中使用bioformats读取显微镜图像（.lsm，.czi，.lif ，你将其命名），打印出元数据并显示图像。 ome = bf.OMEXML(md)给我一个错误（下面）。我想这是关于存储在md内的信息。它不喜欢md中的信息不全是ASCII。但是，我如何克服这个问题呢？这是我写的： import Tkinter as Tk, tkFileDialog import os