biopython

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    如何在python中执行多个输入的Fortran程序

    我有一个Fortran程序，并希望在python中执行多个文件。我有2000个输入文件，但是在我的Fortran代码中，我一次只能运行一个文件。我应该如何在python中调用Fortran程序？ 我的脚本： import subprocess import glob input = glob.glob('C:/Users/Vishnu/Desktop/Fortran_Program_Rum/*
    python python-2.7 python-3.x bioinformatics biopython 2017-02-16

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    多进程，读取同一文件的各种进程

    我想模拟一些dna-sequencing读取，并且为了加速代码，我需要并行运行它。基本上，我想要做的是以下几点：我从人类基因组中取样读取，并且我认为从多处理模块的两个过程中的一个尝试从相同的文件（人类基因组）中获取数据进程被破坏，无法获得所需的DNA序列。我尝试过不同的事情，但我对并行编程非常陌生，并且我无法解决我的问题 当我使用一个内核运行脚本时，它工作正常。 这是我调用该函数 if __nam
    python multiprocessing biopython pysam 2017-02-20

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    “NotImplementedError：SeqRecord”当使用排序在使用SeqIO解析的fasta文件时使用SeqIO

    我试图按照文件中序列的字母顺序（而不是序列的ID）对fasta文件进行排序。 fasta文件包含200多个序列，我试图在一个位主（使用python代码）内找到重复数据（通过重复数据表示几乎相同的蛋白质序列，但不是相同的ID）。 所以我想从fasta文件中创建一个字典，然后对字典的值进行排序。 我想使用的代码如下： from Bio import SeqIO input_file = open
    python bioinformatics biopython fasta 2017-02-21

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    通过回声管道传递python变量（字符串）到bash命令

    我无法在命令行（bash）中将python（python变量）中的字符串作为输入传递给序列比对程序（muscle）。 muscle可以从命令行获取stdin，例如： ~# echo -e ">1\nATTTCTCT\n>2\nATTTCTCC" | muscle MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar http://www.drive5.com/muscle
    python bash subprocess stdin biopython 2017-02-25

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    如何从pubmed获取最新论文

    这是一个具体问题，但有人必须这样做。我想从pubmed那里得到最新的论文。不是关于某些主题的文章，而是所有主题。我想根据修改日期（mdat）进行查询。我使用biopython.py和我的代码看起来像这样 handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxdate='2017/02/19',datetype='mdat') results = Entr
    api bioinformatics biopython pubmed 2017-02-26

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    Python 3的递归错误copy.deepcopy

    我目前使用BioPython Bio.PDB模块来解析和读取蛋白质结构文件（PDB文件）。尝试创建由PDBParser().get_structure(...)方法返回的structure对象的深层副本时，我遇到了递归问题。 我的印象是，copy.deepcopy函数是专门用来处理递归吗？奇怪的是，这只是使用Python 3的一个问题。在Python 2.7中运行等效代码可以正常工作（使用urll
    python python-3.x recursion biopython 2017-03-03

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    Python中的ModuleNotFoundError

    我已经使用C：\ Python36中的.exe文件安装了Python。我使用Anaconda Distribution，并使用C：\ Anaconda3中的.exe进行安装。我已经安装使用biopython以下提示命令： cd Python36 (to go into Python36 directory) cd Scripts (to go into Scripts directory) p
    import module biopython 2017-03-03

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    即使pdb退出，Biopython也无法下载文件

    我正尝试使用biopython和python3自动下载pdbs。但是对于几个pdbs，我遇到了404错误的问题。 urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found 一个例子，这就是它不能正常工作，但应该是：4YUU 数据库PDB文件退出，我没有看到的PDBS任何差异biopython下载。任何帮助，将不胜感激。 该代码是用来： import B
    biopython 2017-03-16

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    Biopython可以解析Derwent GENESEQ格式吗？

    我试图解析来自Derwent GENESEQ数据库的文件。 这些文件应该是EMBL格式的，但是有一些细小的差异可以打破SeqIO.parse('foo.dat', 'embl')。有没有人用Biopython或其他Python库成功解析这些文件？
    biopython 2017-03-16

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    在Biopython PDB模块中获取残基编号和残基名称

    我正在使用pymol的迭代获取所有残基编号，然后使用它们检索残基名称。我认为这不是最好的办法。我试图寻找一种biopython的方式无济于事。我希望你的意见和建议。 一个侧面的问题，有时甚至是链[i] .resname给我一个KeyError：（''，'number'，''）带有一定的残基，这使我使用try和except块。任何替代品？ from Bio import * from Bio.PD
    python bioinformatics biopython 2017-03-17
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