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    获得BLAST结果的前10位序列生物Python

    我想要得到前10位的BLAST结果序列（只是序列，没有比对或得分或e值等）。我正在输入一个包含5个fasta文件的文本文件。所以我的输出应该是每个fasta文件的前10个blast blast。因此，我的输出文件将有50个序列。 我读我的每个输入FASTA的文件通过Bio.SeqIO，写它作为temp.faa，然后把它传递给通过子作为 blastp -db nr -query temp.faa -
    python sequence biopython blast ncbi 2011-07-05

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    使用SimpleXML解释BLAST XML输出 - 连字符问题？嵌套对象访问语法问题？

    我想使用SimpleXML来读取一些NCBI BLAST XML输出，并且我能够访问某些输出，但不能访问其他位。 这里是XML的相关部分（切除的可读性一些无关段）： <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd"> <BlastOutp
    xml simplexml blast ncbi 2011-07-20

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    transform pmc-id - > pmid

    是否可以通过ncbi api将pmc-ids（pubmed central id）转换为pmids（pubmed id）？您可以通过网络表格做到这一点，但我想要使用一个程序 - 当然我可以随时写一个屏幕报废...谢谢
    bioinformatics ncbi pubmed 2012-02-10

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    NCBI基因数据库问题

    我试图找到基因名称和染色体位置的gene_info文件。但是，我似乎无法在NCBI FTP站点上找到它。任何人都可以给我一个指针？
    bioinformatics ncbi 2011-05-01

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    如何添加散列值而不是用新值覆盖？

    基本上我有这些文件（来自NCBI的medline）。每个都与期刊标题相关联。每个都有0,1个或更多的Genbank识别码（GBID）。我可以将每个文件的GBID与每个日记名称的数量关联起来。我的问题是我可能有多个文件与同一个日志相关联，我不知道如何将每个文件的GBID数量添加到每个日志的总GBID数量中。 我的当前代码： jt代表期刊标题，从文件中正确提取。遇到的GBID被添加到计数中。 全码：
    ruby hash ncbi 2012-04-18

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    如何设置QNetworkReply属性以获取正确的NCBI页面？

    我尝试使用将downloadURL功能如下得到这个以下网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/27884304 但数据并不如我们可以通过浏览器看到的，现在我知道这是因为一些正确的信息（如浏览器类型）是必需的。我怎么知道我需要设置什么样的信息，以及如何设置它？ （通过setHeader函数或其他方式??） 在VC++中，我们可以使用CInternetSessi
    c++ qt qt4 qnetworkaccessmanager ncbi 2010-04-04

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    有没有人使用过pubchemdb？任何类似的API？

    更新：答案中的链接既有趣又有用，但不幸的是没有解决对java API的需求，所以我仍然期待着任何输入。 我正在构建化合物数据库。我需要所有的同义词（IUPAC和通用名称）以及每个的安全数据。 我将使用在PubChem数据库免费提供的数据（http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/） 有简单的HTTP查询得到每种化合物的一种简单的方法。例如，为了获得甘油数据，网址是： http
    java api ncbi pubchem 2011-05-09

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    blast给定GI NCBI核苷酸数据库

    我有本地数据库驱动的网站，其中包含几个序列，通过它们的GI号码进行唯一标识。直接给予地理标志，可以链接到'NCBI爆炸网站'吗？例如，对于GI 903049序列有此链接： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049 它链接到这个爆炸页： http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PRO
    bioinformatics blast ncbi 2012-05-09

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    使用biopython从entrez获得基因序列

    这就是我想要做的。 我有例如基因名称的列表：[ITGB1，RELA，NFKBIA] 往上看在biopython和教程为Entrez的API帮助，我想出了这一点： x = ['ITGB1', 'RELA', 'NFKBIA'] for item in x: handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=item ,rettype="gb")
    python biopython ncbi 2012-11-26

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    PHP Simplexml_Load_File失败

    我已经成功地以xml格式获得了一个发布的结果页面，并将内容写入本地文件“Publications.xml”。问题是当我使用simplexml_load_file（“Publications.xml”）时，它失败。无法弄清楚为什么。 <?php $feed = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=carl&sort=pubdate&report=xml
    php xml simplexml ncbi 2013-01-15
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