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PBS保持放弃我的工作

我请求14个处理器从一个一个（每个都有32）所示： #PBS -l nodes=1:ppn=14 #PBS -l walltime=12:00:00 而且具有较低的ppn它几乎总是工作，但一旦我的数字高于14- ish，工作开始执行并立即终止。 tracejob是奇无益： tracejob 14753.hpc2 Job: 14753.hpc2 01/21/2017 11:12:36

cluster-computing job-scheduling hpc pbs numa 2017-01-21

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使用qmgr列出具有给定属性的所有节点

我们使用的是转矩PBS，我们必须使用qmgr更新许多节点的参数。 对于每个正在讨论的节点，手动调用类似'set node n44 properties- = unneeded_pa​​ram'的方法。 现在，我该如何列出具有指定属性的所有节点？

grid cluster-computing pbs torque 2017-05-25

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转矩作业依赖于作业数组

我正在尝试提交依赖于数组完成的转矩作业。 FIRST=`qsub -q hep -t 1-5 foo.sh` qsub -q hep -W depend=afterok:$FIRST bar.sh 第一份工作阵列提交并完成得很好，但第二个作业bar.sh只抱下去。 如果我从第一个参数中删除数组选项，第二个作业将按计划成功，但这并不能真正解决问题。 有从3年前类似的线程，但它似乎没有实际的解决方案：

cluster-computing batch-processing pbs qsub torque 2016-11-07

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通过命令行参数在脚本中设置PBS /扭矩/ qsub参数

我希望能够通过脚本轻松更改多少个nodes,ppn等提交给qsub。也就是说，我想运行的财产以后这样的： qsub script.sh --name=test_job --nodes=2 --ppn=2 --arg1=2 有了这样的脚本如下： #/bin/bash #PBS -N ${NAME} #PBS -l nodes=${NODES}:ppn=${PPN},walltime=${WA

bash pbs qsub torque 2017-02-17

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如何分析服务器和工作节点的pbs_server，pbs_mom日志条目

如何分析这些日志条目，我想了解这些日志条目的格式是什么？ 1) PBS_Server;LOG_ERROR::Cannot assign requested address (99) in send_job, send_job failed to d23818f7 port 15002 2) pbs_mom;LOG_ALERT::mom_server_valid_message_source, ba

pbs torque 2016-09-29

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在基于Linux的群集上调用Matlab：matlab会话在m文件完全执行之前停止

我正在运行一个bash脚本，它在基于Linux的群集上多次提交一些pbs作业。每个提交调用Matlab，读取一些数据，执行计算，并将结果写回到我的目录。 这个过程没有任何例外地正常工作。对于一些计算，m文件开始加载所有内容，而不是执行计算，但在将结果打印到标准输出时，Job终止。 pbs的日志文件显示无错误消息，matlab显示无错误消息。代码在我的电脑上完美运行。我没有想法。 如果有人想知道我能

linux bash matlab pbs 2016-09-29

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如何在Cray XE6计算节点上使用GNU并行（bash脚本）和aprun命令（Unix就像env）？

我想在mpi4py python脚本上运行16个实例：hello.py。我存储在这种s.txt 16个命令： python /lustre/4_mpi4py/hello.py > 01.out 我在克雷集群通过这样aprun命令提交此： aprun -n 32 sh -c 'parallel -j 8 :::: s.txt' 我的目的是运行那些每蟒蛇工作8该脚本运行超过3小时，并且没有创建

bash parallel-processing gnu pbs cray 2017-04-20

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如何从节点收集处理过的信息SLURM/PBS

我是新来的并行计算，我无法理解PBS系统的使用。我已成功安装SLURM并设置处理节点。但无法理解我如何在多个节点之间分配任务。 有很多简单的例子，但他们只是运行简单的“Hello World”程序，这就是全部。 考虑下面的例子，我在网上找到了。 #!/bin/bash #SBATCH -N 4 #SBATCH -c 1 #SBATCH --time=0-00:15:00 # 30 minu

multithreading parallel-processing distributed-computing pbs slurm 2017-04-22

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当使用qsub提交作业时，如何包含我的本地安装的Python包？

我在超级计算群集上有一个帐户，我在其中安装了一些软件包。 “pip安装 - 用户keras”。 当使用qsub将作业提交到队列时，我尝试通过设置“export PYTHONPATH = $ PYTHONPATH：[$ HOME] /。local/lib/python2.7/site来确保系统可以看到我的本地包 - 包装/角落“。 但是，生成的日志文件仍然抱怨没有名为keras的包。我怎样才能确保系

python cluster-computing pbs qsub supercomputers 2017-01-17

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如何将PBSPRO作业存储在数组中并检查作业是否完成？

我试图生成一个系统，允许我检查多个作业是否已完成在群集上运行。 此bash的代码应工作要等到所有的PBS的工作已经完成： #create the array ALLMYJOBS=() # loop through scripts, submit them and store the job IDs in the array for i in 1 2 3 4 5 do ALLMYJO

hpc pbs qsub 2016-12-05

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