sequencing

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    Illumina HiSeq/MiSeq配对末端读数是什么样的？

    我的理解是，配对末端从Illumina的HiSeq/MiSeq平台读取看起来是这样的： R1: AAAAAACCCCCC R2: GGGGGGTTTTTT 当读取R2发现是那些在R1中发现的反向互补。但是，对于我的测序数据，这似乎并不是这种情况。如果有帮助，我可以从下面的一个MiSeq运行中读取一对。 R1: @M01814:86:000000000-A6MU9:1:1
    dna-sequence sequencing 2015-09-09

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    使用python比较输入fastq文件中的字符串差异

    我想编辑一个排序Fastq文件，并删除只在某些字符位置重复的行。理想情况下，我将遍历输入文件中的每一行，并输出一个只包含任何唯一字符集的单个实例的文件。 如下图所示。我只想看看前6个字符，后6个字符和每行的中间字符的一部分，并且只保留三个序列的每个独特组合的一个实例。 AAAAAACCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTCCCCCCCCAAAAAA Start by comparing to
    python fastq sequencing 2015-06-12

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    沿着道路动态排序GPS点

    我将GPS点与索引一起存储 - 所以在这个问题中引用这些点时，它会看起来像这样的GPS [0]，GPS [1]，其中GPS是GPS位置并且[n]是GPS位置阵列中的索引。 这里是我会如何被存储的位置（在这个例子中该阵列只包含11个地点）： GPS [0] =道路的起点 - 总是在第一索引 GPS [ - 9]点以捕获不是所有的[1：道路10] =端 - - 总是在最后一个索引 GPS [1 9]
    c# map gps sequencing 2014-05-16

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    grep的模式匹配的方法太慢

    我已经花了太多的时间在这，我期待的建议。我有非常大的文件（对于那些感兴趣的人来说，Illumina测序运行的FASTQ文件）。我需要做的是不匹配的重复（存在于原始文件），该行的文件和打印，加上3个系在其下方为两个单独的文件之间的共同模式。 Grep这样做很好，但是文件大约18GB，并且它们之间的匹配速度很慢。我需要做的例子如下。 FILEA： @DLZ38V1_0262:8:1101:1430:2
    regex linux grep large-files sequencing 2014-05-21

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    fastx_trimmer为什么认为我的fastq文件是未知文件格式？

    我有一些来自Illumina NextSeq运行的.fastq文件。许多序列具有polyA片段，这使得它们映射变得复杂。我想删除的连续十A的所有序列，并一直在努力这样做，使用fastx_clipper如下： ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a AAAAAAAAAA –i FR0826_S1_L004_R1_001.fastq –o FR0826_L
    bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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    Scorm 2004 3rd Ed - 限制尝试

    我试图限制用户通过测验时可以尝试的次数，而不管内容启动次数。 我发现了一个先决条件规则，但我认为这只适用于当前的启动尝试。 有没有人成功地做到这一点？ sco很迷人。
    scorm2004 sequencing 2015-05-06

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    Bowtie和Sam格式对齐文件的转换

    我需要我的对齐文件都是bowtie和samtools格式，以便我可以在稍后的管道中将它们送入不同的程序。有什么方法可以将sam对齐文件转换为bowtie对齐文件，反之亦然？ 另一种方法是做两次对齐，并让领结程序以不同的格式输出它。但是，这浪费了太多时间。
    bioinformatics genome sequencing 2013-08-06

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    我该如何正确排序这个MySQL表格

    我有一个表格，里面包含左右鞋的混合物，其中一些是防水的。 我需要编写一个查询来按字母顺序对它们进行排序，但是当名称相同时，请使用左侧/右侧前面的防水列。 例如 +-------------------------+------------+------------+ | Shoe name | Waterproof | Left/Right | +--------------------
    mysql sequencing 2014-01-07

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    基于列值的重复排序

    对于R，我真的很新，所以对不起，如果我没有完全理解。 我有一个DF数据收集在几个不同的领域，称为STAND。我需要为从1：3运行的数据创建一个序列，但是当涉及到新的STAND号码时，必须重新启动序列。 下面是一些虚拟的数据 STAND TREE_SPECIES DIAMETER 1 101737 Pine 276 2 101737 Spruce 98 3 101737 Spruce
    r indexing sequencing 2013-10-02

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    一起使用bwa mem和umitools

    我想使用bwa mem将序列读取与hg19引用进行比对，但是我的序列都有一个UMI（唯一分子标识符）。我用umitools像这样： umitools trim --end 5 input.fastq NNNNNN > output.fastq 这再正常附加我的UMI序列中output.fastq文件名行，但是如果使用BWA MEM对准的时候，我得到的错误： paired reads have
    bash sequencing 2015-02-11
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