计算许多序列的（平均值）序列偏差

Question

我有~13K个序列，有120个碱基，我想比较它们以发现保守区域，它们之间的平均偏差或非常偏离的异常值。

问题是，用这个数量的序列我尝试的东西是不可行的。

所以有人在这个大小做了类似的东西，可以给我一些提示如何实现它？或者，也许只是我应该寻找的一些提示？

Answer 1

使用PHYLIP程序包的dnadist程序。您在Biopython库中有一些帮助来处理Phylip对齐格式here。