sequence-alignment

0热度

1回答

嗨我有数字数据的两个序列让我们说： S1：1,6,4,9,8,7,5和S2：6,9,7,5 我想在左右和左右两个方向上找到序列比对。所以我使用2技术之前问我实际上使用匈牙利算法，但它不是顺序，所以它不会给出好结果而且我使用Needleman-Wunsch算法的修改版本，但我认为我可能做错了或者一些东西，我一直在挖掘至少4个月的任何东西，可以帮助我，但我只找到遗传算法，这可能是有益的，但我想知

0热度

1回答

为biopython中的format_alignment中的部分序列着色

我正在使用format_alignment来查找两个序列之间的pariwise对齐。我想用完全对齐的不同颜色（例如，基本编号40和基本编号54之间）突出部分序列，以便清楚它对齐哪个部分。上述序列需要在两个序列中突出显示。你可以建议我怎么能在biopython 实例序列做到这一点：顺序1：ccagctgtttaattgagttgtcatatgttaataacggtatattggaacactgtat

0热度

1回答

尝试创建CA原子列表时，执行以下代码时出现以下错误“关键错误CA”

对于以下代码，执行代码时，出现以下列出的错误。我想知道是否有人可以告诉我如何将CA原子添加到tag_atoms/tagged_atoms列表中，我将用它来对齐，并突出显示代码被写入的方式中的任何潜在缺陷，新来的Python，所以任何见解将是巨大的和非常有益的 def loadPDB(pdb_name): folder = pdb_name[1:3] pdbl = PDB.PD

1热度

1回答

计算许多序列的（平均值）序列偏差

我有~13K个序列，有120个碱基，我想比较它们以发现保守区域，它们之间的平均偏差或非常偏离的异常值。问题是，用这个数量的序列我尝试的东西是不可行的。所以有人在这个大小做了类似的东西，可以给我一些提示如何实现它？或者，也许只是我应该寻找的一些提示？

0热度

1回答

写从左边在屏幕的右侧HTML DOM 2键向右

我写我的DOM结构，如： <button style="float:right">button1</button> <button style="float:right">button2</button> <button style="float:left">button3</button> <button style="float:left">button4</button> ，并会显

0热度

1回答

调整MAFFT命令行算法以更好地解决差距

我一直在尝试使用MAFFT命令行工具来识别基因组内的编码区域。我的一般过程是将基因的氨基酸共有序列与目标序列的翻译阅读框进行比对。我的方法很成功。但是，我注意到一些奇怪的路线，这将不幸地阻碍了我的注释方法。下面是一个这样的例子（注意 - 我还包含了Pairwise2 Biopython模块的成对比对，以展示我期望的输出。不幸的是，Pairwise2的计算时间比MAFFT命令行慢近20倍）： fro

0热度

2回答

对字符串列表的字符串列表的对齐索引

我需要一个函数来给出一个字符串列表最好与较大的字符串对齐的索引。例如：给出字符串： text = 'Kir4.3 is a inwardly-rectifying potassium channel. Dextran-sulfate is useful in glucose-mediated channels.' 和字符串列表： tok = ['Kir4.3', 'is', 'a', 'i

0热度

1回答

重新编号残基biopython

我有一个序列比对为： RefSeq :MXKQRSLPLXQKRTKQAISFSASHRIYLQRKFSH ..... Templatepdb:-----------------ISFSASHR------FSHAQADFAG 我想写的是重号基于在PDB文件这对准作为残留代码：原始pdb：RES ID = 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4

0热度

3回答

Prolog中最长的子序列

我想实现一个谓词P(Xs,Ys,Zs)其中Xs,Ys,Zs是列表。我在序言新我找不到不crossing-偶数的时间，这包括以Ys（例如Ys = ['A','A','A','A','c','A','A','A','A']）的方式来获得的最长序列中Xs（例如，Xs = ['b','b','A','A','A','A','b','b']）。也许有人已经写了这个代码，有人可以说我怎么开始。感谢您的帮助。

0热度

1回答

夹子3点的信号与互相关（finddelay）

在Matlab我能够夹/修剪使用finddelay音频信号的对（相同频率）如下，以使它们对齐并具有相同的长度： d12 = finddelay(s1,s2); if(d12 < 1) start1 = -d12+1; start2 = 1; end1 = length(s1); end2 = min(length(s1(-d12+1:end)), leng