如何安排RPostgreSQL查询并在R中创建协方差矩阵

我想从不适合创建协方差矩阵的数据框创建协方差矩阵。如何安排RPostgreSQL查询并在R中创建协方差矩阵

使用RPostgreSQL查询我有以下类型的数据帧的数据库后：

pg_id item_id      value date 
1  67808755896     23.5 2016-11-12 
2  223337345      0  2016-11-12 
3  254337000000     1  2016-11-12 
4  34604777037     0  2016-11-12 
5  142223438000     14.3 2016-11-12 
6  170555690000     22  2016-11-12

整个数据帧是000行〜500与大致16 000 ITEM_ID的。 item_id被重复（在这里回顾几个月）。

我最终想做的是为item_id的值创建一个协方差矩阵。

为了如此，作为第一步，我要重新安排，我结束了一个数据帧的方式将数据帧，将如下所示：

   item_id 
    date   67808755896 223337345 254337000000 ... 
    2016-11-12 value  value  value 
    2016-11-12 value  value  value    
    2016-11-12 value  value  value   
    2016-11-12 value  value  value  
    2016-11-12 value  value  value   
    2016-11-12 value  value  value

我的问题是，我不知道如何以我需要的方式重新排序数据帧。

如果有一个SQL查询可以在检索时给我选项来获得所需的结构，那么我想这样做会是最好的。

在R内，我尝试了使用融合以及传播的一些事情，但计算似乎对我的本地mac很重，最后一次我试图在某个时候关闭它。

在此先感谢您的帮助！

来源

2017-01-05 Elia

在R，这应该蛮快的运行：

library(data.table) 
set.seed(1) 
n_items <- 15996L; n_days <- floor(500000/n_items) 
df <- data.frame(
    item_id = 1:n_items, 
    date = rep(seq(Sys.Date(), Sys.Date()+n_days, by=1), each=n_items) 
) 
df$value <- runif(nrow(df)) 
dim(df) 
# [1] 511872  3 
uniqueN(df$item_id) 
# [1] 15996 
setDT(df) 
system.time(wide <- dcast(df, date~item_id, value.var = "value", fun.aggregate = mean)) 
     # User  System verstrichen 
     # 0.19  0.00  0.20 
wide[1:5, 1:5] 
#   date   1   2   3   4 
# 1: 2017-01-05 0.26550866 0.3721239 0.57285336 0.9082078 
# 2: 2017-01-06 0.09235838 0.3801334 0.03702181 0.5900971 
# 3: 2017-01-07 0.24687042 0.9922133 0.53181526 0.5044988 
# 4: 2017-01-08 0.29523145 0.2263145 0.33291640 0.1165338 
# 5: 2017-01-09 0.83870267 0.3274892 0.95595348 0.3889042

来源

2017-01-05 11:50:36 lukeA

谢谢配合！已经尝试过其中一个，但没有想过fun.aggregate = mean。好的，拯救我的一天！ – Elia

“平均值”仅仅是一个例子，它通过建立平均值来总结一个网格单元中的多个数据点。你当然也可以使用'length'（数据点数），'sum'或其他函数...... – lukeA

查找到表（数据帧）

来源

2017-01-05 12:32:44

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