bioconductor

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    如何将DNAbin转换为DNAStringSet？

    我试图与R获得猿对齐使用此代码： library(muscle) #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/muscle.html muscle(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE) 但控制台说： Error in muscle(x, exec = "muscle"
    r bioinformatics bioconductor 2017-05-28

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    在R 3.4中安装samr

    我在R v3.4 MacOS sierra中安装samr软件包时遇到问题。我收到此警告消息： "Package which is only available in source form, and may need compilation of C/C++/Fortran: ‘samr’ Do you want to attempt to install these from sou
    r packages bioconductor 2017-05-28

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    TCGAbiolinks：GDCprepare功能问题

    我打算使用TCGAbiolinks准备表达矩阵。我尝试在下载基因表达定量数据后运行PAADRnaseqSE功能 - GDCprepare（query_RNA_Seq）功能，但每次运行功能，它会产生如下错误信息： > PAADRnaseqSE <- GDCprepare(query_RNA_Seq) |============================================
    r bioconductor 2017-06-04

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    如何查找提交文本框的路径

    我试图在本地应用程序中引用一个URL，并且难以找到正确的引用路径。 它使用网站转换为所请求页面的另一个值的值。 主要网址是http://exac.broadinstitute.org/ 我输入包含rs113488022变化，该网站将变成一个变种 http://exac.broadinstitute.org/variant/7-140453136-A-T 不幸的是我没有这个变异值直接通过，并且正在从
    javascript html bioinformatics bioconductor 2017-06-05

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    如何将一个链接添加到另一个小插图中安装在相同的R包中

    我在Bioconductor上有一个包，并且正在为其添加第二个小插件。 我想将第二个小插图链接到第一个小插曲，因为对于更高级的用户来说，一个小插图是该包的常规工作流程，另一个是精细参数调整。 有没有干净的方法来做到这一点？ 唯一的相关主题，我发现这是一个： best way to link to a vignette from manual in an R package 但它并没有真的帮了我，
    r r-markdown bioconductor vignette 2017-06-12

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    使用SQL数据库在R中进行并行处理

    我正在尝试使用clusterProfiler bioconductor R软件包进行排列分析。为了举例说明我的问题，我会在手册中使用的例子，我适应并行运行： library(clusterProfiler) library(doMC) library(foreach) data(geneList, package="DOSE") PermNumber <- 10000 register
    sql r parallel-processing bioconductor 2017-06-14

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    R - 如何重新加载函数（或更改包优先级）

    我正在使用Matrix库来处理稀疏矩阵。偶尔，我需要运行一个使用Bioconductor软件包的函数，它依赖于S4Vectors库。不幸的是，Matrix中的“colSums”函数与S4Vectors中的“colSums”函数冲突。因此，当我运行这个函数时，它会打破我的“colSums”函数，这真的很烦人。 我知道有这个问题，有两种常用的解决方案： 1）根据Bioconductor的包加载矩阵库前
    r matrix sparse-matrix s4 bioconductor 2017-06-16

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    org.Hs.eg.db使用clusterProfiler的问题

    有谁知道为什么这不起作用？有什么不对的地方叫org.Hs.eg.db。 ego <- enrichGO(gene = gene.df, universe = names(geneList), OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "CC", pAdjustMethod = "BH", p
    r bioinformatics ontology bioconductor 2017-06-20

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    无法安装R包取决于rtracklayer R3.4.0

    我已经在我的Mac上更新R到R3.4.0。不幸的是，现在我不能安装任何取决于rtracklayer的生物导体封装。 我有Bioc version 3.5和R version 3.4.0 我已经安装了最新版本的BiocInstaller（v.1.26.0）。 从bioc安装软件包（如affy，limma或类似软件）没有任何问题。但一旦rtracklayer需要（所有注释包）我得到的follwoing
    r openssl dlopen bioconductor 2017-05-04

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    使用GEOquery

    对于GEO研究从GEO检索数据表标头，我想获得数据表头的描述，在研究的所有样品特别是“值”列。 如果go here，然后向下滚动，然后点击其中一个样品：我们选择“GSM2644971”。然后，向下滚动，你应该看到“数据表头说明”及以下，你应该看到“值进行标准化（提供的归一化法）平均贝塔”。这些信息是我想要的。 我尝试使用Biobase包中的assayData()，但我不知道该方法是以样本，样本矩阵
    r bioinformatics text-mining bioconductor 2017-07-01
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