bioconductor

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    无法通过Rscript执行来自一个文件夹的所有文本文件

    这是针对阵列质量度量的R脚本。第一步进展顺利，但在第二步执行后发生错误。 library(arrayQualityMetrics) library(limma) library(tcltk) X <-tk_choose.files(caption = "Choose X") maData<-read.maimages(X, source="agilent", other.column
    r bioconductor 2015-06-16

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    R Bioconductor：topGO未安装

    我刚刚完成下载R和RStudios以与Ubuntu 14.04一起使用。我有版本R 3.0.2。我正在尝试使用RStudio安装Bioconductor软件包topGO。我使用的代码来源（：http://bioconductor.org/biocLite.R“），并得到消息：”Bioconductor版本2.13 ....更新版本的Bioconductor是可用后，安装新版本的R“ 因此，我删除R
    linux r ubuntu bioconductor 2015-08-14

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    [R ExpressionSet过滤NA值

    我想R中创建以下ExpressionSet： dataDirectory <- system.file("extdata", package = "Biobase") exprsFile <- "path to expression data.txt" exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header = TRUE, sep = "\t", row
    r bioconductor 2015-08-22

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    qvalue结果混乱，是两列？

    我使用来自qvalue包（bioconductor）的qvalue，并将其应用于来自t.test的pvalues。然后我将结果写到一个txt文件中，但是我有两列，一列用于pvalues，另一列用于qvalues。为什么发生这种情况？ PVal<-as.matrix(Pval) str(PVal) qobj <- qvalue(PVal) qwrite(qobj, filename = "my
    r bioconductor 2015-10-11

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    来自vcountPattern的正确命中的提取序列R

    我进行了小RNA测序并尝试分析结果fastq文件。 首先，我使用ShortRead包导入的文件的fastq成R，并转换为DNAstringSet reads <- readFastq("test.fq") seq <- sread(reads) 要查找读取包含序列的特定字符串中，我使用vcountPattern从Biostrings库。为了我的分析目的，我必须允许突变和插入。 hit <-v
    r bioinformatics bioconductor seq fastq 2015-08-25

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    在Python使用R选择功能使用rpy2

    我试图隐蔽UniProt登录号使用Bioconductor的包org.Hs.eg.db（这是一个S4对象）的Entrez的ID。我也试图用rpy2作为Python脚本的一部分。调用select函数会导致错误。下面的代码（该计划是400线，我摘录了相关的东西）： from rpy2.robjects.packages import importr from rpy2.robjects import
    python r rpy2 bioconductor 2015-10-16

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    平层因素，以促进R中

    我使用DESeq2包安装一个GLM在DESeq2模型用作嵌套的因素，其中有个人（RatIDs）嵌套在治疗（饮食）内的情况。包的作者表明个体从1重新拉平：（DESeq2 vignette, page 35）N各饮食（其中，N是RatIDs的特定饮食中的数字），而不是它们的原始ID /因子水平内 的数据看起来是这样的（其实有更多的行和列，但为简单起见省略）： Diet Extraction RatI
    r data.table bioconductor 2015-07-10

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    从表达式集的phenoData中选择列R

    我想从表达式集的phenoData中选择列。我要处理的数据是特定的。 （C 1,2 - names(pData(teset)) [1] "time" "status" "Age" "Gender" [5] "TCGA_tumor_type" "Tumor_stage" "Tumor_grade" 我只希望在不pData所第一两列的teset数据，即以pData所（tes
    r bioconductor 2015-09-02

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    在R中安装软件包时出错

    我需要在R中安装2个软件包才能运行不同的库。 当从Bioconductor的安装LIMMA和IRanges，我得到以下错误： > install.packages("IRanges_1.18.4.tar.gz") Installing package into ‘C:/Users/Zambidis Lab/Documents/R/win-library/3.0’ (as ‘lib’ is un
    r install packages bioconductor 2015-05-27

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    如何修复R中的寡核苷酸频率误差

    我对package“seqinr”的read.fasta函数有问题。当我用乐器使用它时，它不会创建所需的矢量。 此外，当我使用手动构建的矢量的函数计数时，结果为零表格。 这是我的代码： library("seqinr") library(MASS) #GETTING THE FILES AFTER FRAGMENTS OF 500 files <- list.files(path="/Us
    r bioinformatics bioconductor 2015-07-19
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