hpc

0热度

1回答

我使用的是TORQUE/MOAB/RHEL 6.7的HPC。在PBS jobscript相关线是 #PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=12gb module load r_3.2.0 module load icc_14.0.3-ompi_1.8.3 mpirun -np 1\ --mca mtl mx --mca pml cm --bind-to core --m

1热度

1回答

请求SGE上每个节点的“M”个核心的整数倍

我想向SGE提交一个多线程MPI作业，并且正在运行的集群具有不同的节点，每个节点具有不同数量的核心。假设每个进程的线程数为M（对于OpenMP，M == OMP_NUM_THREADS）如何请求提交给SGE队列的作业将以这样的方式运行，即在每个节点中分配M的整数倍为我的工作？假设M = 8，并且MPI任务的数量是5（因此总共需要40个内核）。在这个集群中，有4个，8个，12个和16个核心的节点。那

0热度

1回答

在Windows上调用C++ Amp DLL当安装了多个GPGPU时HPC节点失败

我试图用Windows HPC节点上的C＃程序的Amp代码调用本机C++ dll。当节点上只安装一个GPGPU时，代码运行良好。当我尝试安装三个GPGPU时，程序在尝试加载dll时冻结（它永远不会前进，并且不会引发任何错误）。 dll永远不会启动（在生成Amp调用之前，没有任何输出日志记录）。当直接在节点上运行代码时（而不是通过HPC头节点管理器），代码运行良好。关于如何让代码运行的任何想法？另外

-2热度

1回答

如何在多线程HPC群集中运行二进制可执行文件？

我从complete genomics（http://cgatools.sourceforge.net/docs/1.8.0/）有这个工具称为cgatools。我需要在高性能计算集群中运行一些基因组分析。我试图运行分配超过50个内核和250GB内存的作业，但它只使用一个内核，并将内存限制在2GB以内。在这种情况下，我的最佳选择是什么？有没有办法在HPC集群中运行二进制可执行文件，使其使用所有分配的

-1热度

1回答

如何检测我使用的HPC调度程序（Torque，Sun Grid Engine等）？

我需要根据调度程序的类型运行不同的脚本，这需要一种可靠的方法来检测调度程序是否是Torque，SGE或其他。就像$ SHELL告诉我正在使用哪个shell。或者像名字一样。我知道environmental variables这两个系统设置，但他们不会给我一个可靠的或一个优雅的方式 - 给定env的命令。变量被命名为相似或相同的..需要几个ifs和buts，然后才能断定它是哪一个。

1热度

1回答

使用MPI-IO和笛卡尔拓扑编写分布式阵列

我有一个MPI代码，它实现了2D域分解来计算PDE的数值解。目前，我为每个进程编写特定的二维分布式数组（例如array_x - > proc000x.bin）。我想将其缩减为单个二进制文件。 array_0，array_1， array_2，array_3，假设以上示出了具有4个进程（2×2）的笛卡尔拓扑。每个二维数组具有维度（nx + 2，nz + 2）。 +2表示为了通信目的而添加到各方的“

0热度

1回答

BatchJobs结果给出了函数结果* -1 +作业＃？

我正在运行使用BatchJobs的最小示例，并且结果与预期不符。我正在使用global_config settings，debug = TRUE。我正在运行中的R下面的代码我的HPC服务器上： library(BatchJobs) reg <- makeRegistry(id = "batchtest") batchMap(reg, identity, 1) submitJobs(reg)

-1热度

2回答

测试程序是否正确使用MPI（分布式）？

如何检查程序在运行时是否正在使用MPI？具体来说，我如何验证程序在多个处理器上运行？另外，如何确定我的程序是否跨多个节点正确运行？

1热度

1回答

模拟并行代码

我有一个数据科学应用的异步并行程序的想法。考虑一个拥有一个“主”和20个“奴隶”的共享存储系统。它将在主节点上有一个矩阵;奴隶会读矩阵的值，使用随机数和返回值将修改矩阵的一些元素（异步做一些操作，允许覆写，即谁来到第2可能会覆盖一些由奴隶所做的工作的奴隶谁来了第一）。我知道这可以在pthreads做，但我不想花精力有一些原型之前编码它。我在MATLAB写并行程序模拟器：一在-A-时间和顺序，

1热度

2回答

斯卡拉矢量化API

是否有任何Scala API用于高性能矢量化计算，就像Python中的numpy一样？例如，对于总结了两个（超大型）Array， vect.sum(Array(1,2,3,...), Array(10,11,12,...)) == Array(11,13,15,...)