如何在PDB.BIO中为蛋白质原子做Superimposer后写回PDB文件python

我从PDB文件中读取并提取原子信息，并做了Superimposer()以将突变与野生型进行比对。我如何将原子的对齐值写回PDB文件？我试图使用PDBIO()库，但它不工作，因为它不接受列表作为输入。任何人有一个想法如何做到这一点？如何在PDB.BIO中为蛋白质原子做Superimposer后写回PDB文件python

mutantAtoms = [] 
mutantStructure = PDBParser().get_structure("name",pdbFile) 
mutantChain = mutStructure[0]["B"] 

# Extract information of atoms 
for residues in mutantChain: 
    mutantAtoms.append(residues) 

# Do alignment 
si =Superimposer() 
si.set_atoms(wildtypeAtoms, mutantAtoms) 
si.apply(mutantAtoms)

现在mutantAtoms是与野生型原子对齐的原子。我需要将这些信息写入PDB文件。我的问题是如何从对齐的原子列表转换为结构，并使用PDBIO()或其他方式写入PDB文件。

来源

2015-04-16 zuhakasa

正如我在例子中看到的PDBIOpackage documentation在Biopython文档：

p = PDBParser() 
s = p.get_structure("1fat", "1fat.pdb") 
io = PDBIO() 
io.set_structure(s) 
io.save("out.pdb")

好像PDBIO模块需要Structure类的一个对象来工作，这在原则上是我的理解Superimposer作品用。当你说它不接受一个列表，你的意思是你有一个结构列表？在这种情况下，你可以简单地通过循环throught结构为做到这一点：

for s in my_results_list: 
    io.set_structure(s) 
    io.save("out.pdb")

如果你有什么是原子的名单，我想你可以创建一个Structure对象，然后把它传递给PDBIO。

然而，很难说更不知道更多关于你的问题。你可以把你的问题放在你遇到问题的代码行上。

编辑：现在我更好地理解你想要做什么。所以，我已经看到了关于Structure类，这是一个稍微复杂一些显然是有趣Biopython Structural Bioinformatics FAQ一些信息。乍一看，我没有看到一个很简单的方法来从头开始创建Structure对象，但你可以做的是从PDBIO修改你的结构代替你从Superimposer得到，然后使用写.pdb文件结果的原子列表相同的修改结构。所以，你可以尝试把你的mutantAtoms列表到你已经有了mutantStructure对象。

来源

2015-04-16 12:20:22 cnluzon

嗨cnluzon，我更新了我的问题。我有一个对齐的原子列表，我不知道如何创建一个Structure对象，正如您告诉将它传递给PDBIO一样。如果我想创建一个Structure对象，我需要从一个PDB文件中调用get_structure API，但是我没有任何PDB文件可以调用（除了原来的那个）。感谢您的回答。 – zuhakasa

我已经用一些额外的信息扩展了我的答案。我希望这有一些帮助。 – cnluzon

如何在PDB.BIO中为蛋白质原子做Superimposer后写回PDB文件python

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