bioinformatics

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我试图与R获得猿对齐使用此代码： library(muscle) #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/muscle.html muscle(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE) 但控制台说： Error in muscle(x, exec = "muscle"

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在Python中过滤奇怪的文本文件

我有一个文本文件，其中每个ID行以>开头，下一行是一系列字符。并且在字符序列之后的下一行将是以>开始的其他ID行。但在其中的一些，而不是序列我有“Sequence unavailable”。 ID行之后的序列可以是一行或多行。像这样的例子： >ENSG00000173153|ENST00000000442|64073050;64074640|64073208;64074651 AAGCAGCC

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如何获取用户指纹生物度量数据？

我需要得到用户指纹生物指标数据使用iPhone与我连接下面的链接的设备。虽然是否有可能使用该设备从iPhone获取生物指标数据，或者现在市场上是否有其他设备或技术。我对iOS的主题感到困惑不已。如果您已经知道这些信息，请发送宝贵的反馈意见。在此先感谢。 FbF®mobileOne QuickDock Nexa|Fingerprint™ – Fingerprint Recognition Soft

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在MacOS塞拉利昂安装Biopython 10.12.5

我使用MacOS的塞拉利昂，我试图在最后关于Python 3.5安装Biopython 1.68我不能安装它在所有我得到了一个失败的结果:( 我跟着步骤，去到该文件夹Biopython然后我把这个在我的终端蟒蛇的setup.py建立或python3 setup.py的建设而且我装苹果的命令行工具，Xcode中我的Mac上，但我不知道如何在我的Mac上安装Biopython 我ha Ana A

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使用GRanges对象上的坐标从FASTA文件中提取序列片段

我需要提取枯草芽孢杆菌的基因间序列。我有枯草芽孢杆菌中的R，与seqinr进口的完整DNA序列。我使用包seqinr的函数read.fasta将dna序列导入到R中; 我然后创建来自枯草芽孢杆菌基因库文件中使用包“genbankr”来提取基因间坐标的GRANGES对象。这是我GRANGES的格式与基因间坐标对象： GRanges object with 3841 ranges and 1 m

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BWA找不到本地索引文件

我正在尝试将.fasta文件导入到bwa中，以便使用参考基因组将映射到我的读取映射。不过，我目前得到这个错误： [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files 任何帮助吗？这里是我的代码： #!/bin/bash source /opt/asn/etc/asn-bash-profiles-special/module

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R列取代数据框中的其他列的字母表

我有一个数据框有三个参考列ref，het和hom在每一行中，我想要替换列中的字母/基因型，其中G = C，A = T，AG = TC或基于参考列反之亦然。 structure(list(SNP = c("rs1", "rs2", "rs3", "rs4", "rs5", "rs6", "rs7", "rs8", "rs9"), ref = c("GG", "AA", "AA", "GG", "G

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正确的边缘重组交叉DNA装配

我试图实现遗传算法将DNA片段组装成一个只给出光谱序列。我唯一的运营商是Edge Recombination，我确信它足以获得相当不错的结果。但是......我无法击败80％（最佳分数的百分比），并且有500个碎片的实例可能需要2小时（如果在100次迭代中没有改善，算法会停止）。我甚至执行它的权利？我没有发现任何交叉运营商应该选择匹配更好的元素（片段重叠 - 在大多数论文中，它只是我们挑选的），

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如何查找提交文本框的路径

我试图在本地应用程序中引用一个URL，并且难以找到正确的引用路径。它使用网站转换为所请求页面的另一个值的值。主要网址是http://exac.broadinstitute.org/ 我输入包含rs113488022变化，该网站将变成一个变种 http://exac.broadinstitute.org/variant/7-140453136-A-T 不幸的是我没有这个变异值直接通过，并且正在从

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使用Perl突出显示DNA序列中使用HTML标记的匹配模式

我正在使用Perl中的CGI脚本生成HTML页面。我需要筛选一些序列以检查它们是否包含特定模式;如果它们包含它，我需要在我的页面上打印每行50个碱基的序列，并突出显示序列中的模式。我的序列在一个名为%hash的散列中;键是名称，值是实际序列。 my %hash2; foreach my $key (keys %hash) { if ($hash{$key} =~ s!(aaagg)!