fasta

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    Python3在新文件中写入选定的区域

    我不得不浏览我的字典以获取我的所有基因的分类群，并且每次遇到分类群时，我都打开.fasta文件，并使用相同的名称，并且在此fasta文件中必须查找我在分类学研究中遇到的geneID。这是可能的，因为在我制作词典的文件中有“taxon1 | geneID1，taxon1 | geneID2，taxon2 | geneID1，...”。所以，当我在特定的fasta文件中遇到特定的geneID时，我必须
    python dictionary stock fasta 2015-06-19

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    子集序列的数据帧

    我试图子集的一个FASTA文件（包含多个序列）转换成基于ID的几个较小的余存储在数据帧（和 的列表 我有一个名为fastafile这样FASTA： fastafile <- dput(fastafile) structure(list(r1 = "acatattggaggccgaaacaatgaggcgtgatcaactcagtatatcac", r2 = "ctaacctctccca
    r subset fasta seq 2015-06-19

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    随机序列FASTA序列和变化序列名

    我有一个FASTA文件（FAS2），其具有约1000 FASTA序列，这里是FASTA序列的夫妇例如： >gi|108863165-BAdV-2 ATGGCTACTCCTTCGATGATGCCGCAGTGGTCTTACATGCACATCGCCGGGCAGGATGCCTCCGA >gi|108863163-BAdV-1 ATGGCGACGCCGTCGATGATGCCCCAGTGGTCGTACA
    r bioinformatics fasta bioconductor 2015-03-18

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    如何在特定的行从文件

    读我有一个FASTA文件，它看起来像这样： 我想这一点： sequence1: ATGCACCGT sequence2: GACCTAGCA 结果。 我该怎么办？ 编辑： 我会试着重新制定它， 所以我有一个（FASTA）文件，具有多个行。 某些行具有特殊字符（>）作为第一个字符。我不需要这些行，但是这些行显示了第一个序列结束的位置，以及另一个开始的位置。 我想它读入两个单独字符串 第一个字符
    python file fasta 2015-10-07

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    Python：如何从FASTA文件中的滑动窗口打印出长度为n的序列？

    我有一个fasta文件，序列很少，我想执行窗口大小为5的滑动窗口，并在序列扫过时提取序列。 例如（test1.fasta）： > human1 ATCGCGTC > human2 ATTTTCGCGA 预期输出（test1_out.txt）： > human1 ATCGC > human1 TCGCG > human1 CGCGT > human1 GCGTC > human2 ATTTT > h
    python python-2.7 python-3.x biopython fasta 2015-05-19

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    使用sed删除'>'后的所有内容并添加索引号和字符串？

    我知道这应该很简单，但我无法让它工作。我的文件看起来像这样 >c12345|random info goes here that I want to delete AAAAATTTTTTTTCCCC >c45678| more | random info| here GGGGGGGGGGG 我想要做的只是让这个简单得多，所以可能看起来像这样 >seq1 [organism=human]
    unix sed bioinformatics fasta 2015-08-27

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    Python：如何基于二进制内容的文本文件提取DNA序列？

    比如我有以下 序列的FASTA文件： >human1 AGGGCGSTGC >human2 GCTTGCGCTAG >human3 TTCGCTAG 如何使用Python来阅读以下的内容来提取 序列的文本文件？ 1代表真，0代表假。将仅提取具有值1 的序列。 示例文本文件： 0 1 1 预期输出： >human2 GCTTGCGCTAG >human3 TTCGCTAG
    python python-2.7 bioinformatics biopython fasta 2015-05-20

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    创建文件输入dcg的一般模式是什么？

    我似乎一直在努力编写DCG来解析输入文件。但它似乎应该很简单？是否有任何提示或技巧来思考这个问题？ 对于一个具体的例子，可以说我想解析一个fasta文件。 （https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format）。我想阅读每个描述和每个序列的后面跟踪。 :- use_module(library(pio)). :- use_module(library(dcg/b
    prolog swi-prolog dcg fasta 2015-07-11

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    Python：一种方法来忽略/考虑换行（）

    所以我有一个问题，从一个较大的（> GB）文本文件中提取文本。该文件的结构如下： >header1 hereComesTextWithNewlineAtPosition_80 hereComesTextWithNewlineAtPosition_80 hereComesTextWithNewlineAtPosition_80 andEnds >header2 hereComesText
    python newline fasta file-read 2015-10-26

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    使用biopython解析fasta文件来计算属于每个ID的数字序列读取数

    我是python编程的新手，尝试解析fasta文件并计算属于文件中每个ID的读取次数（这里使用玩具示例但，计划用于宏基因组seq文件，每个主题读取1-100,000条记录）。我想获得的输出将是什么样的文本文件： Total reads: 8 Mean read length: 232.5 Median: 234.5 Mode: 250 Max: 250 Min: 209 Sample
    python parsing biopython fasta 2015-07-21
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