fasta

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    如何从基于gff文件的fasta基因组中提取fasta，然后将fasta合并到一个转录本中输出

    感谢您的帮助。我想提取具体的内含子fasta，然后合并内含子fasta和CDS fasta输出我的具体transcript.how我可以用biopython或python做到这一点？ 我GFF file.example： 1 ensembl intron 7904 9192 . - . Parent=GRMZM2G059865_T01;Name=intron.71462 1 ensembl in
    python merge biopython fasta 2014-10-29

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    使用biopython编写fasta文件时出错

    我使用以下代码将fasta序列写入文件。 from Bio import SeqIO sequences = "KKPPLLRR" # add code here output_handle = open("example.fasta", "w") SeqIO.write(sequences, output_handle, "fasta") output_handle.close()
    sequence biopython fasta 2014-10-30

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    在使用awk的fasta头文件中的分隔符后保留文本

    我有什么应该是一个简单的问题，但是我缺乏awk知识让我失望。 我想清理FASTA文件，它是在这种格式的标头： >HWGG454_Clocus2_Locus3443_allele1 ATTCTACTACTACTCT >GHW757_clocus37_Locus555662_allele2 CTTCCCTACGATG >TY45_clocus23_Locus800_allele0 TTCTA
    bash awk fasta 2015-02-23

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    胀裂data.frame成2列

    我有一个FASTA文件，我使用“read.delim”到R.相应data.frame读取FASTA文件看起来像以下： >tm_sd_1256_2_1 MJAKDHRZTASDJASJDKASJDURUJDFLSDJFSDIFJKSDFKSJDFLJSDLFD ASDJASDJ >tm_sd_5672_1_2 AIZZTQBCSKLKDSHDADBCMSJHKQUWIRJHJJKKDLJSG
    r split dataframe fasta 2015-02-24

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    计算gc内容并打印最大gc内容及其密钥

    第9行显示错误“列表分配索引超出范围” 我必须获取具有最大gc内容的密钥并打印gc内容值与关键一起。 这只是我正在做的一个示例，而问题可能包含2个以上的序列。 d={"fff":'TTAGCCGAATTTGGC',"ddd":'TGATACTAGCGTAG'} b=[] a=[] i=0 for key in d: h=len(d[key]) t=d[key].coun
    python string bioinformatics fasta rosalind 2015-02-24

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    错误vcf-consensus脚本

    我想用一个简单的例子使用这个脚本（vcf-consensus），但我有一个错误：在fasta文件中找不到序列“7”。 的构造结是： Usage: cat ref.fa | vcf-consensus [OPTIONS] in.vcf.gz > out.fa 我FASTA文件是： TGGCTGGAACGGGACCTCACATTCTGTATTTGTCCCGATTGGCTAGCAACTTAGAACT
    bioinformatics fasta vcf consensus variants 2014-11-22

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    使用函数来制作字典将不起作用，但功能外

    我有一个问题，我似乎无法找到并修复。 FASTA = >header1 ATCGATCGATCCCGATCGACATCAGCATCGACTAC ATCGACTCAAGCATCAGCTACGACTCGACTGACTACGACTCGCT >header2 ATCGATCGCATCGACTACGACTACGACTACGCTTCGTATCAGCATCAGCT
    python regex dictionary fasta 2015-03-02

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    使用python计算fasta的GC内容无错误

    人类基因组由24条不同的染色体组成（实际上23对= 46条染色体）。该染色体称为1,2,3，...，22,X和Y。每个染色体是一个非常长的字符串（例如染色体1由近24,000,000个字符组成），其中'G','C','A'和'T'字符（例如染色体1）是非常长的字符串。我有一个文件中的每个染色体（染色体1的链是在1.fa文件中）。 *.fa文件被称为fasta文件，它是DNA链信息的标准文件。此文件
    python string fasta dna-sequence 2014-12-03

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    在行尾找到任何字母，删除换行符而不替换目标

    我试图将几行字母折叠为一行。 例 >8445125 VSSSDEQPRPRRS RNQDRQHPNQNRP VLGRTERDRNRRQ FGQNFLRDRKTIA >8445125 VSSSDEQPRPRRSRNQDRQHPNQNRPVLGRTERDRNRRQFGQNFLRDRKTIA 我试图正则表达式查找[A-Z] \ n上与空白替换。问题是它会删除每行结尾的S，P Q和A.
    regex notepad++ bioinformatics fasta 2014-12-04

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    bash-搜索文件中的字符串并返回所有匹配的位置

    我有一个fasta file_imagine作为txt文件，其中偶数行是字符序列，奇数行是序列id's_我想要搜索串中的字符串并获取匹配子字符串以及它们的ID的位置。示例： 输入： >111 AACCTTGG >222 CTTCCAACC >333 AATCG 搜索“CC”。输出： 3 111 4 8 222
    bash awk sed grep fasta 2014-10-21
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