Biopython在位置

Question

的列表中提取的碱基我有兴趣例如位置的列表：

10 
20 
1000 
4000000 

我想提取在使用biopython一个FASTA文件，这些位置的碱基响应。

这是我曾尝试：

query_dic ={} 
with open(line) as pos_file: 
    for x in pos_file: 
     for seq_record in SeqIO.parse(query_file, "fasta"): 
      nuc = seq_record[x] 
      query_dic[x]=nuc 

错误消息说“无效的指数” - 什么是错的？

Answer 1

很可能有些序列的长度不足以拥有那么多字母，因此较大的索引是无效的。

你可能会考虑修改最终环路是这样的：

if len(seq_record) > x: 
    nuc = seq_record[x] 
else: 
    nuc = None 
query_dic[x] = nuc