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回答
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当然可以 - the tutorial解释如何在本地运行BLAST和NCBI以及如何解析结果。我将离开实际的实施作为一个练习给你!
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from Bio.Blast import NCBIWWW
fasta_string = open("myfasta").read()
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
print result_handle.read()
以上myfasta是设置了互联网BLAST您的自定义序列文件
您可以result_handle使用NCBIXML后发挥你希望(即获得前100名,删除重复)
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好谢谢。你也知道为什么我不能从python2.6的Bio中导入python2.5吗? – Jon 2009-11-03 22:40:30
为什么你不打开另一个问题呢? p.s.如果你认为这是正确的,你应该接受大卫的答案。 – dalloliogm 2010-01-26 12:51:13