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    mas5正常化错误：无法找到函数的继承方法

    目标：mas5正常化数据。 问题：当我尝试以下方法R代码里面，我得到这个 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 我有这么看着，发现以下几点：What does this mean: unable to find
    r bioinformatics bioconductor 2017-09-04

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    接受稍微不同的输入snakemake规则（.fq VS .fq.gz）

    我是新来snakemake，并希望能够通过trim_galore采取任何一对.fq文件或一对文件，并运行他们得到一副修剪的输出文件。没有给我所有的Snakefile，我有下面的丑陋的解决方案，我刚刚复制规则并更改输入。什么会是更好的解决方案？ #Trim galore paired end trimming rule for unzipped fastqs: rule trim_galore_u
    bioinformatics snakemake 2017-09-06

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    如何安装和使用github代码进行下一代测序数据分析？

    从VIPREADME.md文件： 安装 一台机器上安装VIP的步骤如下： > git clone https://github.com/keylabivdc/VIP > cd VIP > cd installer > chmod 755 * > sudo sh dependency_installer.sh > sudo sh db_installer.sh -r [PATH]
    python bioinformatics biopython 2017-09-10

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    ete3：如何从分类标识中获得分类级别名称？

    我想用它来转换一堆标识符，但我需要确切地知道哪个分类等级被分配给每个分类标准代码。下面显示的是一个有意义的转换示例，但我不知道如何标记某些分类调用。基本的分类等级是:(域，王国，门，类，次序，家庭，属和物种）https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank。 对于大多数情况下，它很容易，但在细菌的亚种和菌株的情况下，这可能会引起混淆。 如何获得ete3来指定
    python bioinformatics taxonomy ncbi ete3 2017-09-10

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    Blast +本地配置：如何配置nt和nr数据库？

    我正在配置Blast +在我的mac上（os sierra）并且在配置我也在本地下载的nr和nt数据库时遇到了问题。我正在尝试关注NCBI的指令here，并且正在执行配置和执行步骤。 他们说改变我的.bash_profile，以便它说： export PATH=$PATH:$HOME/Documents/Luke/Research/Pedulla\ 17-18/blast/ncbi-blast-2
    command-line path bioinformatics blast ncbi 2017-09-10

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    根据返回的结果和以前的正则表达式的规则创建一个新的正则表达式|索引正则表达式并查看正则表达式如何匹配子字符串

    我特别关注R，Perl和shell。但任何其他编程语言也可以。 问题 有没有一种方法，以在视觉上或程序检查和指数基于正则表达式匹配的字符串？这是为了引用第一个正则表达式及其第二个正则表达式的结果，以便能够修改匹配字符串的一部分并为该特定部分编写新规则。 https://regex101.com确实可视化某个字符串如何匹配正则表达式。但它远非完美，对于我的庞大数据集效率不高。 问题 我有我的第一个正
    r regex shell perl bioinformatics 2017-09-11

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    从SeqIO.index生成的字典中删除项目

    我正在使用Python 2.6.6，并且我试图删除中的，它们与file1中的读取重叠（即相同）。这里是代码我想实现： ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fastq") for spk in spk_reads: if spk in ref_r
    python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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    使用多线程在R中运行shell脚本

    我想用命令system（）在R中运行shell脚本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一个线程，即使我在shell脚本中设置了多个线程。在这种情况下，我应该怎么做才能使用多线程？ 的代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident pp
    r multithreading parallel-processing bioinformatics blast 2017-09-13

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    snakemake如何编码对analisys

    我想使用gatk重新校准使用对样本（肿瘤和正常）。我需要使用熊猫来解析数据。这就是我所写的。 expand("mapped_reads/merged_samples/{sample[1][tumor]}/{sample[1][tumor]}_{sample[1][normal]}.bam", sample=read_table(config["conditions"], ",").iterrows
    bioinformatics snakemake 2017-09-19

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    Snakemake规则

    我想使用snakemake制作一个生物信息学流水线，并使用Google搜索它并阅读文档和其他内容，但是我仍然不知道如何使它工作。 这是我的一些原始数据文件。 RAWDATA/010_0_bua_1.fq.gz，RAWDATA/010_0_bua_2.fq.gz RAWDATA/11_15_ap_1.fq.gz，RAWDATA/11_15_ap_2.fq.gz ...他们都是配对的文件。） 这里是我
    bioinformatics snakemake 2017-09-25
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