igraph

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我有从几个树状结构的图像中提取的图形。该图对于每个关节点都有一个顶点，即使该点不是分支或结束点（即节点顺序为2）。我想删除这些2阶顶点，但保持连通性，以便通过这些中间体连接的分支点或结束顶点现在通过单个边连接。我可以通过一次一个地去除顶点和连接边来对小图进行此操作，但在使用10,000个边时这很慢。这是一个示例启动图。我想顶点8和6除去（例如），而插入连接9和4类似地边缘，我想，同时插入的边缘以

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使用iGraph中的ego函数生成连接节点列表，以通过函数进行解析

我在用R处理iGraph软件包时遇到了一些麻烦。具体来说，当我试图让所有节点在2度分隔范围内从给定的节点，然后使用该列表通过函数运行一些操作。我对R中的列表工作并不是非常有信心，更不用说iGraph.vs类。理想情况下，我想生成一个使用ego到第二度Listnode_test <- (ego(Graph1, 2, "accumsan"))的顶点列表。这返回Listnode_test。下面是输出

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使用现有的R应用程序/软件包可视化协作网络结构

我试图想象“合资企业”（即企业与产品中的其他人协作）的关系数据结构。例如，我公司可能会与j公司参与合资公司A，但我公司也会参与与j公司和k公司k的合资企业B，因此，公司i，j，k都共享某种合作模式，成员关系（{i，j}，{i，j，k}），但公司{i，j}之间的合作力度要强于{i，k}合资企业。我会在这些标志性的网络图中想象这一点，但强调关系的强度因不同的二元组（企业）而异。我想到的一个相关示例是

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如何在绘制R中的图形时增加边的长度

有没有办法用较大的边长来绘制r中的图？我只是用库（IGRAPH）图（图），做任何人知道为什么所有的边缘有变长？ ** V1 V2 1 6 1 2 6 5 3 1 0 4 1 6 5 1 385 6 5 4 7 5 6 8 5 98 9 0 1 10 0 2 我有这种格式的数据，我正在生成一个网络图。

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如何使用Igraph描绘带甜甜圈形顶点的网络？

我想描述一个有Ring/Donut Shaped Vertices的网络。我在Igraph文档中没有找到这样的形状，但是我找到了一个馅饼形状。如下面的代码： library(igraph) g <- make_ring(10) values <- lapply(1:10, function(x) sample(1:10,3)) if (interactive()) { plot(g

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读取属性信息R中的“.dot”文件

如何在.dot文件中读取表示图形的R文件并包含属性信息？我可以使用sna::read.dot在.dot文件中读取。但是这只是返回一个没有任何属性标签的邻接矩阵，据我所知。使用igraph::write.graph，我可以用点格式编写文件...但igraph::read.graph不允许点文件。

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根据数据帧中的共享属性创建一个邻接矩阵或列表

我有一个重复项目（行）的数据框，在某种意义上描述了彼此共享某些属性的项目。我想以图表的形式表达这种关系。 property node red A red B red C blue A blue D purple A purple B A, B和C将与彼此连接，因为它们共享red属性。 A和D将形成连接，因为它们共享blue属性。此外，A和B共享purple属性。我们可以

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翻动igraph.vs到数据帧

所以我用all_shortest_paths得到一个输出，它看起来像这样： PathsE $res[[1]] + 4/990 vertices, named: [1] Sortilin GGA1 Ubiquitin PIMT $res[[2]] + 4/990 vertices, named: [1] Sortilin TrkA PLK1 PIMT $res[[3]]

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生成igraph布局时修复y坐标

我试图用R程序包igraph生成树状图。我开始与邻接矩阵Y，看起来像这样： Y <- matrix(c(1,1,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1, 1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0

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在GGRAPH包“对象‘方向’找不到”与树状

我尝试绘图与ggraph包树状图，但它的确定与geom_edge_diagonal()但与geom_edge_elbow() 包 library(phyloseq) library(igraph) library(ggraph) 获取数据文件ps.rds在这里可用 https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data ps